Słowo cajon po hiszpańsku oznacza pudełko (szuflada, skrzynia, a nawet trumna), cajon jako instrument muzyczny pojawia się w wielu kulturach, na kilku kontynentach na przestrzeni pokoleń. Ten wspaniały instrument perkusyjny powstał w kolonialnym Peru, kiedy władze zakazał niewolnikom gry na afrykańskich bębnach. Niezrażeni niewolnicy, zaczęli używać drewnianych skrzynek przeznaczonych do przechowywania owoców do grania swoich ukochanych rymów.

Cajon stał się godłem narodowym dla Peruwiańczyków i jest niezbędnym instrumentem każdego zespołu wykonującego tradycyjną muzykę ludową Peru.

Na Kubie można znaleźć wiele opowieści o tym, jak cajony mogą być używane jako instrumenty muzyczne przez zmarginalizowaną społeczność. Na początku lat 60. Fidel Castro zaczął się denerwować z powodu antykomunistycznych wieców tworzących się na ulicach, gdzie rytm bębnów i dźwięk muzyki przyciągał ogromną rzeszę ludzi. Fidel zakazał grania muzyki na ulicach, aby kontrolować możliwość buntu. Sprytni Kubańczycy zaczęli robić bębny z pudełek po owocach i innych surowców, które można znaleźć na każdej ulicy. Kiedy przyjeżdża policja, zastawała dobrze wychowanych obywateli siedzących na skrzynkach z owocami i szukających pracy.

Rozwój współczesny cajona przypisuje się znanemu gitarzyści flamenco, Paco de Lucii. Na początku lat siedemdziesiątych hiszpańska ambasada w Limie w Peru zorganizowała imprezę dla Paco de Lucia, na której występował tradycyjny peruwiański zespół który wykorzystywał cajon. Paco de Lucia zachwycił się tym instrumentem, więc zabrał cajona ze sobą z powrotem do Hiszpanii. Krótkie dźwięki staccato, które można odtwarzać na cajonie, sprawiają, że idealnie nadaje się do muzyki flamenco, ponieważ ten dźwięk naturalnie odnosi się do pracy nóg i klaśnięcia dłoni („palmas”) używanych we Flamenco. Od czasu historycznej migracji cajona z Peru do Hiszpanii jego zastosowanie rozprzestrzeniło się na cały świat.

Dzisiejszy cajon nadal podąża za podstawowymi konstrukcjami i wymiarami wczesnego cajona. Współcześni producenci tego wspaniałego instrumentu, ciągle go udoskonalają. Natomiast muzycy grający na cajonie, udowadniają iż jest to uniwersalny instrument który nadaje się do każdego stylu muzycznego.  

W 2001 roku cajon został oficjalnie uznany w Peru za dziedzictwo kulturowe kraju, a w 2014 roku Organizacja Państw Amerykańskich (OPA) przyznała peruwiańskiemu cajonowi międzynarodową nagrodę „Peruwiański instrument obu Ameryk”. Od 2 sierpnia 2018 roku Peru co roku obchodzi Dzień Peruwiańskiego Cajòn.